什叶派伊斯兰教,在阿富汗占穆斯林人口 30%,几乎所有其馀人口实行伊斯兰教逊尼派。阿富汗什叶派主要是十二伊玛目派,而少数是伊斯玛仪派。
阿富汗什叶派信徒多数是十二伊玛目派,主要信徒是哈扎拉族。其次如一些小突厥民族如奇兹尔巴什和巴岳特。
阿富汗什叶派的一个较小的部分是伊斯玛仪派,主要信徒是帕米尔高原的民族,他们的精神领袖是阿迦汗。由于阿富汗的主体民族普什图人一直是逊尼派信徒,什叶派哈扎拉人,历史上一直受到歧视和被宣布为非穆斯林。