染色质免疫沉淀
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染色质免疫沉淀（英语：Chromatin Immunoprecipitation，简称为ChIP）被用来研究细胞内DNA与蛋白质相互作用，具体来说就是确定特定蛋白（如转录因子）是否结合特定基因组区域（如启动子或其它DNA结合位点）——可能定义顺反组。ChIP还被用来确定基因组上与组蛋白修饰相关的特定位点（即组蛋白修饰酶类的标靶）。[1] 此方法的简要过程是：细胞裂解液里的蛋白和相关染色质暂时结合；染色质(DNA)-蛋白复合物被剪切，与所研究蛋白相关的DNA片断被选择性免疫沉淀；相关DNA片断被纯化，顺序被测定。一般认为这些DNA顺序在活体内与所研究蛋白结合。
染色质免疫沉淀种类
[编辑]通常使用的染色质免疫沉淀法主要根据第一步对染色质的处理方式不同，而分为交联染色质免疫沉淀(XChIP) 与自然染色质免疫沉淀(NChIP) 两种。 XChIP 使用化学物质交联染色质后使用超声波破碎，而 NChIP 使用micrococcal核酸酶剪切。
交联染色质免疫沉淀(XChIP)
[编辑]交联法主要用于定位染色质上面附着的转录因子等蛋白。交联法的原料是可逆交联处理后的染色质。可逆交联处理这一步通常使用的是甲醛或紫外光照射。由于经过了交联处理，最后亦多出解除交联状态的一步。交联法通常直接使用超声波破碎，获得约 300-1000 碱基对长度的 DNA 链。
自然染色质免疫沉淀(NChIP)
[编辑]自然法的主要应用是用于定位组织蛋白修饰所影响的 DNA 的位置。与交联法不同，自然法的原料是未经处理的染色质。为了将染色质分离，需要使用 micrococcal 核酸酶用于分离消化染色质以获得单个核小体。此种方法将会完全分解核小体间的连接 DNA 并产生长度为 1-5 个不等核小体的片段。
XChIP与NChIP的比较
[编辑]参见
[编辑]参考文献
[编辑]- ^ Collas, Philippe. The Current State of Chromatin Immunoprecipitation. Molecular Biotechnology. January 2010, 45 (1): 87–100. PMID 20077036. doi:10.1007/s12033-009-9239-8.
外部链接
[编辑]
- 医学主题词表（MeSH）：Chromatin+immunoprecipitation
- EpigenomeNOE.com （页面存档备份，存于互联网档案馆）
- Chromatin Immunopreciptation (ChIP) on Unfixed Chromatin from Cells and Tissues to Analyze Histone Modifications （页面存档备份，存于互联网档案馆）
- Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) of Protein Complexes: Mapping of Genomic Targets of Nuclear Proteins in Cultured Cells （页面存档备份，存于互联网档案馆）