阿尔泰山两河源自然保护区是中华人民共和国新疆维吾尔自治区在2004年成立的自治区级自然保护区。保护区坐落在新疆阿尔泰山东北部。保护区管理范围主要为额尔齐斯河和乌伦古河干流支流的主要集水区域,保护区内有以西伯利亚落叶松为主的森林。2010年,阿尔泰山两河源自然保护区与喀纳斯自然保护区一起以“中国阿尔泰山”的名义被列入世界遗产预备名单。