阿爾泰山兩河源自然保護區是中華人民共和國新疆維吾爾自治區在2004年成立的自治區級自然保護區。保護區坐落在新疆阿爾泰山東北部。保護區管理範圍主要為額爾齊斯河和烏倫古河幹流支流的主要集水區域,保護區內有以西伯利亞落葉松為主的森林。2010年,阿爾泰山兩河源自然保護區與喀納斯自然保護區一起以「中國阿爾泰山」的名義被列入世界遺產預備名單。