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人類線粒體DNA單倍體群

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根據線粒體DNA建議的「走出非洲」遷徙路線。
當代人類mtDNA單倍群分佈,基於對26個人群中2054個個體的分析。[1](a) 餅圖。(b) 以表格形式顯示得單倍群計數。
假設的人類遷徙世界地圖,北極在中央。左上方是非洲,是人類遷徙的起點,最右側是南美洲。遷徙模式基於mtDNA的研究。字母代表單倍群,顏色和數字表示距今的千年前。

人類線粒體DNA單倍體群Human mitochondrial DNA Haplogroup)是遺傳學上依據線粒體DNA差異而定義出來的單倍體群。單倍群用於表示線粒體系統發育樹上的主要分支點。了解母系血統的演化路徑,可使研究者追溯母系遺傳的人類起源,線粒體研究顯示人類起源於非洲地區。單倍群的字母名從A到Z不等,按照發現的先後順序命名,與實際的遺傳關係不相干。

線粒體單倍群起源於一個假想的女性,是所有現存人類母系最近共同祖先,一般稱作線粒體夏娃

線粒體DNA的變異速度稱作人線粒體分子鐘,這是尚在研究的領域,有報告稱每8000年發生一次突變。[2]

線性透視

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mtDNA單倍群樹與分佈地圖。[3]數字是單倍群標籤,據http://www.phylotree.org,[4]並給出單倍群分化的突變位置(只顯示一個分支定義標記)。單倍群分佈的主要地理特徵用顏色標出。
人mtDNA單倍群傳播路線

此進化樹來自Van Oven (2009)[4],2022年6月一份研究提出了單倍群L的另一種系統發育路徑。[5]

主要mtDNA單倍群

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據mtDNA單倍群估計的人類遷徙世界地圖。

泛單倍群L

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泛單倍群 L是人mtDNA單倍群中最基本的,其他單倍群都從L3單倍群演化而來。主要分佈在非洲。

泛單倍群M

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泛單倍群M主要分佈在亞洲和美洲,其後代有單倍型類群 M單倍型類群 C單倍型類群 Z單倍型類群 D單倍型類群 E單倍型類群 G單倍型類群 Q等。

泛單倍群N

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泛單倍群N主要分佈在澳洲、美洲,在亞洲亦有,其後代有單倍型類群 N單倍型類群 O單倍型類群 A單倍型類群 S單倍型類群 I單倍型類群 W單倍型類群 X單倍型類群 Y以及泛單倍群R。

泛單倍群R

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泛單倍群R主要分佈在歐洲、北美、大洋洲,在亞洲和美洲亦有,其後代有單倍型類群 R單倍型類群 B單倍型類群 F單倍型類群 H單倍型類群 V單倍型類群 J單倍型類群 T單倍型類群 U單倍型類群 K

年代

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單倍群 估計起源時間(萬年前)[6] 可能起源地
L 20 非洲
L1-6 17 東非
L2-6 15 東非
L0 15 東非
L1 14 中非
L3-6 13
L5 12
L2 9
L3 7 東非
N 7 東非或西亞
M 6 東非,西亞或南亞
R 6 南亞或東南亞
U 5.5 東北非或印度(南亞)
RT'JT 5.5 中東
JT 5 中東
U8 5 西亞
R9 4.7
B4 4.4
F 4.3
U4'9 4.2 中亞
U5 3.5 西亞
U6 3.5 北非
J 3.5
X 3
K 3
U5a 2.7
HV 2.7 近東
J1a 2.7 近東
T 2.7 兩河流域
K1 2.7
I 2.6
J1 2.4 近東
W 2
U4 2 中亞
X2 2
H 2 西亞
U5a1 1.8 歐洲
J1b 1.1
V 1.4
X2a 1.3 北美
H1 1..2
H3 12
X1 1

地理分佈

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2004年一篇論文總結,現代西亞、北美與歐洲人群中最普遍的單倍群是H, J, K, N1, T, U4, U5, V, X, W。[7]

非洲單倍群:L0, L1, L2, L3, L4, L5, L6, T, U5a

澳洲單倍群:M42a, M42c, M14, M15, Q, S, O, N, P. (Refs 1, 2, 3, 4, 5, 6)

亞洲單倍群:F, C, W, M, D, N, K, U, T, A, B, C, Z, U many number variants to each section

研究軟件

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分配

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測年

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系統發生

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地圖

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古地圖

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現代地圖

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數據庫

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古代

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現代

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參看

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參考資料

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  1. ^ Rishishwar L, Jordan IK. Implications of human evolution and admixture for mitochondrial replacement therapy.. BMC Genomics. 2017, 18 (1): 140. PMC 5299762可免費查閱. PMID 28178941. doi:10.1186/s12864-017-3539-3可免費查閱. 
  2. ^ Loogvali, Eva-Liis; Kivisild, Toomas; Margus, Tõnu; Villems, Richard, O'Rourke, Dennis , 編, Explaining the Imperfection of the Molecular Clock of Hominid Mitochondria, PLOS ONE, 2009, 4 (12): e8260, Bibcode:2009PLoSO...4.8260L, PMC 2794369可免費查閱, PMID 20041137, doi:10.1371/journal.pone.0008260可免費查閱 
  3. ^ Kivisild T. Maternal ancestry and population history from whole mitochondrial genomes.. Investig Genet. 2015, 6: 3. PMC 4367903可免費查閱. PMID 25798216. doi:10.1186/s13323-015-0022-2可免費查閱. 
  4. ^ 4.0 4.1 van Oven M, Kayser M. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Human Mutation. February 2009, 30 (2): E386–94. PMID 18853457. S2CID 27566749. doi:10.1002/humu.20921可免費查閱. 
  5. ^ Maier P, Runfeldt G, Estes R, Vilar M. African mitochondrial haplogroup L7: a 100,000-year-old maternal human lineage discovered through reassessment and new sequencing. Nature. 2022, 12 (1): 10747. Bibcode:2022NatSR..1210747M. PMC 9232647可免費查閱. PMID 35750688. S2CID 250021505. doi:10.1038/s41598-022-13856-0可免費查閱. 
  6. ^ Correcting for Purifying Selection: An Improved Human Mitochondrial Molecular Clock Supplementary (PDF). Cell. 2009: 82–83 [89]. (原始內容 (PDF)存檔於2009-12-29). 
  7. ^ Villems, Richard; Usanga, Esien; Mikerezi, Ilia; Gölge, Mukaddes; Claustres, Mireille; Michalodimitrakis, Emmanuel N.; Pappa, Kalliopi I.; Anagnou, Nicholas P.; Chaventré, André; Moisan, Jean-Paul; Richard, Christelle; Grechanina, Elena; Balanovska, Elena V.; Rudan, Pavao; Puzyrev, Valery; Stepanov, Vadim; Khusnutdinova, Elsa K.; Gusar, Vladislava; Balanovsky, Oleg P.; Peričić, Marijana; Barać, Lovorka; Golubenko, Maria; Lunkina, Arina; Laos, Sirle; Pennarun, Erwan; Parik, Jüri; Tolk, Helle-Viivi; Reidla, Maere; Tambets, Kristiina; Metspalu, Ene; Kivisild, Toomas; Derenko, Miroslava V.; Malyarchuk, Boris A.; Roostalu, Urmas; Loogväli, Eva-Liis. Disuniting Uniformity: A Pied Cladistic Canvas of mtDNA Haplogroup H in Eurasia. Molecular Biology and Evolution. November 1, 2004, 21 (11): 2012–2021. PMID 15254257. doi:10.1093/molbev/msh209可免費查閱 –透過academic.oup.com. 
  8. ^ Capri, Miriam; Castellani, Gastone; Franceschi, Claudio; Lomartire, Laura; Sevini, Federica; Vianello, Dario. HAPLOFIND: a new method for high-throughput mtDNA haplogroup assignment. Human Mutation. 2013-06-12, 34 (9): 1189–1194. eISSN 1098-1004. 
  9. ^ Binna, Robert; Kloss-Brandstätter, Anita; Kronenberg, Florian; Pacher, Dominic; Schönherr, Sebastian; Specht, Günther; Weissensteiner, Hansi. HaploGrep: a fast and reliable algorithm for automatic classification of mitochondrial DNA haplogroups. Human Mutaton: Variation, Informatics, and Disease. 2010-10-19, 32 (1): 25–32. eISSN 1098-1004. 
  10. ^ Kronenberg, Florian; Forer, Lukas; Schönherr, Sebastian; Weissensteiner, Hansi. Haplogrep 3 - an interactive haplogroup classification and analysis platform. Nucleic Acids Research. 2023-04-23, 51 (1): 263–268. eISSN 1362-4962. 
  11. ^ García-Olivares, Victor; et al. A benchmarking of human mitochondrial DNA haplogroup classifiers from whole-genome and whole-exome sequence data. Scientific Reports. 2021-10-15, 11 (20510). eISSN 2045-2322.  已忽略未知參數|orig-date= (幫助)
  12. ^ Kim, Dong-han; Kim, Kijeong; Kim, Kyung-yong; Kim, Yoonyeong; Kwon, Chulhwan. Haplotracker: a web application for simple and accurate mitochondrial haplogrouping using short DNA fragments. 2020-04-23. bioRxiv 10.1101/2020.04.23.057646v1可免費查閱. 
  13. ^ Kayser, Manfred; van Oven, Mannis. Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation. Human Mutation. 2008-10-13, 30 (2): 386–394. doi:10.1002/humu.20921可免費查閱. eISSN 1098-1004. 
  14. ^ Various. Rosenblatt's ancient DNA map. Anthrogenica. 2017-05-30. 
  15. ^ Chyleński, Maciej; Ehler, Edvard; Juras, Anna; Moravčík, Ondřej; Novotný, Jiří; Pačes, Jan. AmtDB: a database of ancient human mitochondrial genomes. Nucleic Acids Research. 2018-09-24, 47 (D1): 29–32. eISSN 1362-4962. 
  16. ^ Brown, Michael D.; Kogelnik, Andreas M.; Lott, Marie T.; Navathe, Shamkant B.; Wallace, Douglas C. MITOMAP: A Human Mitochondrial Genome Database. Nucleic Acids Research. 1996-01-01, 24 (1): 177–179. eISSN 1362-4962. 

外部連結

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人類線粒體DNA單倍體群

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