印度尼西亞總理(印尼語:Perdana Menteri Republik Indonesia)是印度尼西亞共和國從1945年至1966年實行議會內閣制期間曾經存在過的一個職位。存在期間,總理是印尼的行政首長、內閣的負責人,而當時的內閣與最高立法機構(相當於議會,開始時是印度尼西亞中央國民委員會,後為人民協商會議)和總統並為印尼政府的三大組成部分。1959年7月5日總統令頒佈後,時任總理朱安達率領內閣總辭職,蘇加諾總統遂自行兼任總理,組成新內閣並開始行使總理職權,直到九三零事件後他於1966年下台,繼任的蘇哈托總統正式廢除總理職位。