印度尼西亚总理(印尼语:Perdana Menteri Republik Indonesia)是印度尼西亚共和国从1945年至1966年实行议会内阁制期间曾经存在过的一个职位。存在期间,总理是印尼的行政首长、内阁的负责人,而当时的内阁与最高立法机构(相当于议会,开始时是印度尼西亚中央国民委员会,后为人民协商会议)和总统并为印尼政府的三大组成部分。1959年7月5日总统令颁布后,时任总理朱安达率领内阁总辞职,苏加诺总统遂自行兼任总理,组成新内阁并开始行使总理职权,直到九三零事件后他于1966年下台,继任的苏哈托总统正式废除总理职位。